Главными особенностями сточных вод, что образуются на рыбокомбинате, является огромное количество слизи и чешуи от рыбы, а также, других органических соединений, которые обладают неприятным запахом и очень быстро разлагаются. Сильный запах получается в результате того, что все органические соединения попадают в воду и портятся. Поэтому, очистка требует своевременной переработки и утилизации всех продуктов, что образуются на рыбокомбинате.
Сточные воды от рыбопереабатывающих предприятий относятся к категории сток высокой концентрации, поэтому, прежде, чем они будут сброшены в любую систему водоотведения, они должны быть максимально очищены, потому как еще и содержат многочисленные загрязнения по своей природе. Органические вещества в сточных водах рыбокомбинатов представляют собой достаточно сложные эмульсии.